dr. S. (Sebo) Withoff

Universitair Hoofd-docent

Faculteit Medische Wetenschappen/UMCG

Telefoon:

050 361 7100

050 361 7230 (fax)

Helene Lauvenberg:

E-mail:

s.withoff umcg.nl

Homepage ORCID Research Portal

Speerpunten

Ik onderzoek hoe iemands genetische aanleg (DNA) en niet-coderende RNA moleculen (micro-RNAs (miRNAs) en long non-coding RNAs (lncRNAs)) bijdragen aan de kans op het krijgen van complex genetische, immuun-gemedieerde ziekten zoals Coeliakie, Inflammatoire Darm Ziekte (IBD), Non-alcoholische Steatohepatitis (NASH) en Multipele Sclerose (MS).

Ik gebruik voornamelijk patientenmateriaal en cellijnmodellen als modelsystemen voor ziektes die ik manipuleer en uitlees met de nieuwste 'genomics technologien' zoals bijvoorbeeld CRISPR/Cas9, SNP (single nucleotide polymorphism) arrays, single-cell RNA sequencing, single-cell ATACseq, en oLINK targeted proteomics.

Recentelijk focus ik op de ontwikkeling van organen-op-chip platforms. Hiertoe gebruik ik patientencellen die ik genetisch reprogrammeer tot zogenaamde induced pluriptent stem cells (iPSCs) en die ik op hun beurt differentieer tot darmwandcellen, immuuncellen, bloedvatcellen, of levercellen. De microfluidische darm-op-chip of lever-op-chip systemen die ik vervaardig zijn de meest veelbelovende modelsystemen voor 'personlized medicine' applicaties en onderzoeksvraagstellingen omdat de uitgangscellen zijn verkregen van patienten, wat betekend dat de erfelijke aanleg die aan de basis van de ziekte ligt aanwezig is.

Publicaties

An iPSC-derived small intestine-on-chip with self-organizing epithelial, mesenchymal, and neural cells

Moerkens, R., Mooiweer, J., Ramírez-Sánchez, A. D., Oelen, R., Franke, L., Wijmenga, C., Barrett, R. J., Jonkers, I. H. & Withoff, S., 23-jul.-2024, In: Cell reports. 43, 7, 26 blz., 114247.

Onderzoeksoutput › › peer review

Genetic mapping across autoimmune diseases reveals shared associations and mechanisms

International Multiple Sclerosis Genetics Consortium, Lincoln, M. R., Connally, N., Axisa, P.-P., Gasperi, C., Mitrovic, M., van Heel, D., Wijmenga, C., Withoff, S., Jonkers, I. H., Padyukov, L., Rich, S. S., Graham, R. R., Gaffney, P. M., Langefeld, C. D., Vyse, T. J., Hafler, D. A., Chun, S., Sunyaev, S. R. & Cotsapas, C., mei-2024, In: Nature genetics. 56, 5, blz. 838-845 8 blz.

Onderzoeksoutput › › peer review

Human organoids and organ-on-chips in coeliac disease research

Simpson, H. L., Smits, E., Moerkens, R., Wijmenga, C., Mooiweer, J., Jonkers, I. H. & Withoff, S., 23-okt.-2024, (E-pub ahead of print) In: Trends in Molecular Medicine.

Onderzoeksoutput › peer review

Potential biomarkers for multiple sclerosis stage from targeted proteomics and microRNA sequencing

Tan, I. L., Modderman, R., Stachurska, A., Almeida, R., de Vries, R., Heersema, D. J., Gacesa, R., Wijmenga, C., Jonkers, I. H., Meilof, J. F. & Withoff, S., 2024, In: Brain Communications. 6, 4, 18 blz., fcae209.

Onderzoeksoutput › › peer review

Standardizing designed and emergent quantitative features in microphysiological systems

Nahon, D. M., Moerkens, R., Aydogmus, H., Lendemeijer, B., Martínez-Silgado, A., Stein, J. M., Dostanić, M., Frimat, J.-P., Gontan, C., de Graaf, M. N. S., Hu, M., Kasi, D. G., Koch, L. S., Le, K. T. T., Lim, S., Middelkamp, H. H. T., Mooiweer, J., Motreuil-Ragot, P., Niggl, E. & Pleguezuelos-Manzano, C.& 13 anderen, Puschhof, J., Revyn, N., Rivera-Arbelaez, J. M., Slager, J., Windt, L. M., Zakharova, M., van Meer, B. J., Orlova, V. V., de Vrij, F. M. S., Withoff, S., Mastrangeli, M., van der Meer, A. D. & Mummery, C. L., 26-aug.-2024, (E-pub ahead of print) In: Nature biomedical engineering. 8, blz. 941–962 22 blz.

Onderzoeksoutput › peer review

iPSC-derived organ-on-a-chip models for personalized human genetics and pharmacogenomics studies

Palasantzas, V. E. J. M., Tamargo-Rubio, I., Le, K., Slager, J., Wijmenga, C., Jonkers, I. H., Kumar, V., Fu, J. & Withoff, S., apr.-2023, In: Trends in Genetics. 39, 4, blz. 268-284 17 blz.

Onderzoeksoutput › peer review

Phage display sequencing reveals that genetic, environmental, and intrinsic factors influence variation of human antibody epitope repertoire

Lifelines Cohort Study, Andreu-Sánchez, S., Bourgonje, A. R., Vogl, T., Kurilshchikov, A., Leviatan, S., Ruiz-Moreno, A. J., Hu, S., Sinha, T., Vich Vila, A., Klompus, S., Kalka, I. N., de Leeuw, K., Arends, S., Jonkers, I., Withoff, S., Brouwer, E., Weinberger, A., Wijmenga, C. & Segal, E.& 3 anderen, Weersma, R. K., Fu, J. & Zhernakova, A., 13-jun.-2023, In: Immunity. 56, 6, blz. 1376-1392.e8 26 blz.

Onderzoeksoutput › › peer review

Gut mucosa dissociation protocols influence cell type proportions and single-cell gene expression levels

Uniken Venema, W. T. C., Ramírez-Sánchez, A. D., Bigaeva, E., Withoff, S., Jonkers, I., McIntyre, R. E., Ghouraba, M., Raine, T., Weersma, R. K., Franke, L., Festen, E. A. M. & van der Wijst, M. G. P., 14-jun.-2022, In: Scientific Reports. 12, 14 blz., 9897.

Onderzoeksoutput › › peer review

Single-Cell RNA Sequencing of Peripheral Blood Mononuclear Cells From Pediatric Coeliac Disease Patients Suggests Potential Pre-Seroconversion Markers

Ramírez-Sánchez, A. D., Chu, X., Modderman, R., Kooy-Winkelaar, Y., Koletzko, S., Korponay-Szabó, I. R., Troncone, R., Wijmenga, C., Mearin, L., Withoff, S., Jonkers, I. H. & Li, Y., 15-mrt.-2022, In: Frontiers in Immunology. 13, 14 blz., 843086.

Onderzoeksoutput › › peer review

A Combined mRNA- and miRNA-Sequencing Approach Reveals miRNAs as Potential Regulators of the Small Intestinal Transcriptome in Celiac Disease

Tan, I. L., Barisani, D., Panceri, R., Modderman, R., Visschedijk, M., Weersma, R. K., Wijmenga, C., Jonkers, I., Coutinho de Almeida, R. & Withoff, S., 21-okt.-2021, In: International Journal of Molecular Sciences. 22, 21, 16 blz., 11382.

Onderzoeksoutput › › peer review

Lees meer