Development and use of genomics mining and visualization tools for prokaryotes. Analysis of gene regulatory networks of Lactococcus lactis
Promotie: dhr. A. de Jong, 12.45 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen
Proefschrift: Development and use of genomics mining and visualization tools for prokaryotes. Analysis of gene regulatory networks of Lactococcus lactis
Promotor(s): prof.dr. J. Kok, prof.dr. O.P. Kuipers
Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen
Nieuwe computermodellen halen zeer succesvol bacteriële kennis uit immense datasets
De laatste jaren zien we een exponentiële toename in de hoeveelheid data die de genetische inhoud (de genomen) en de expressie daarvan (de transcriptomen) van bacteriën beschrijven. Om uit deze berg aan data biologische kennis te verwerven is een enorme uitdaging. Anne de Jong beschrijft in zijn proefschrift hoe complexe datasets kunnen worden gereduceerd tot en gevisualiseerd als eenvoudige en gestructureerde modellen. Deze voor de mens goed te interpreteren modellen maken het vervolgens mogelijk om waardevolle informatie te extraheren.
De Jong ontwikkelde het BAGEL-algoritme, om in de grote hoeveelheid bacteriële DNA-sequenties die wereldwijd in databases aanwezig is, genen te kunnen opsporen die coderen voor eiwitten (bacteriocines) met een anti-microbiële werking. Dit unieke systeem is toegankelijk via een gebruikersvriendelijke webserver en mede daardoor heeft BAGEL inmiddels geleid tot de ontdekking van nieuwe actieve bacteriocines. Hierover is intussen door verschillende onderzoeksgroepen gepubliceerd. Uiteindelijk zouden deze bacteriocines kunnen helpen bij het terugdringen van het (excessieve) gebruik van antibiotica of bij de ontwikkeling van alternatieve anti-microbiële strategieën.
Verder beschrijft De Jong in zijn proefschrift PePPER, een webserver die gebruikt kan worden om genregulatieprocessen te ontdekken. PePPER doet dit door gebruik te maken van bestaande databases en literatuurgegevens.
Een aantal van de door De Jong ontwikkelde technieken is ingezet om de groei in melk door de bacterie Lactococcus lactis te beschrijven in een computermodel. Dit model vormt een belangrijke bron voor de beschrijving van de processen die optreden tijdens de fermentatie van melk door deze melkzuurbacterie, in feite de eerste stappen in het kaasbereidingsproces dat door deze industrieel en economisch belangrijke bacterie wordt uitgevoerd.
Anne de Jong (Noordoostpolder, 1961) volgde de Laboratorium Opleiding aan de Hanzehogeschool in Groningen. Zijn promotieonderzoek deed hij aan de Rijksuniversiteit Groningen bij de afdeling Moleculaire Genetica van het GBB.
Laatst gewijzigd: | 13 maart 2020 00:59 |
Meer nieuws
-
23 juli 2024
De chips van de toekomst
Onze computers gebruiken onnodig veel energie, en bovendien lopen we tegen de limieten van onze huidige technologie aan. Dus werkt CogniGron aan nieuwe materialen die het menselijk brein kunnen nabootsen, en ontwikkelt CogniGron-hoogleraar Tamalika...
-
18 juli 2024
Slimme robots om kleinere chips te maken
Een robotarm in een fabriek die herhaaldelijk dezelfde beweging maakt: dat is iets van het verleden, vindt Ming Cao. Wetenschappers van de Rijksuniversiteit Groningen werken samen met hightech bedrijven om productieprocessen steeds meer autonoom te...
-
17 juli 2024
Veni-beurzen voor tien onderzoekers
Aan tien onderzoekers van de Rijksuniversiteit Groningen en het UMCG is een Veni-beurs van maximaal 320.000 euro toegekend. De Veni-beurzen worden jaarlijks toegekend door de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk onderzoek (NWO) en zijn...