The influence of peptide structure on fragmentation pathways
Promotie: mw. S. Bari, 11.00 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen
Proefschrift: The influence of peptide structure on fragmentation pathways
Promotor(s): prof.dr.ir. R. Hoekstra
Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen
Eiwitfragmentatie na protonbestraling
Proton radiotherapie is een voor Nederland nieuwe techniek bij het bestrijden van kanker, waarbij men tumoren bestraalt met behulp van protonen in plaats van met de gangbare röntgenstralen (fotonen). Protonen vernietigen een geïsoleerde tumor even goed als röntgenstraling, maar de schade aan het omliggende gezonde weefsel is beduidend minder. Maar wat gebeurt er precies in een tumorcel bij bestraling? Promovenda Sadia Bari werkte als eerste met apparatuur waarmee kan worden onderzocht hoe een eiwitmolecuul door de beschieting met protonen in stukken uiteenvalt.
Voor het onderzoek werd een opstelling gebouwd waarin een elektrospray-bron is gekoppeld met een ionen- of een VUV fotonenbundellijn. De eiwitmoleculen worden met magnetische velden in een 'trap chamber' vastgezet, waarna ze beschoten worden met waterstof- of helium-ionen met verschillende energieën. Het eiwit valt dan in stukken uiteen. Het spectrum van brokstukken wordt met een massaspectrometrische techniek geanalyseerd.
In de eerste experimenten met deze nieuwe opstelling gebruikte Bari een klein eenvoudig model-eiwit, het peptide leucine enkephalin. Dat is een peptide dat uit slechts vijf aminozuren bestaat. Dergelijke experimenten met kleine biomoleculen hebben het voordeel dat men er de initiële ionisatie- en fragmentatiedynamiek goed mee kan bestuderen. Voor onderzoek naar de stralingsschade zijn echter minder realistische modellen. Daarvoor is verder onderzoek nodig met grotere eiwitten.
Het onderzoek van Bari laat zien dat het fragmentatiepatroon van leucine enkephalin afhankelijk is van de soort projectielionen waarmee het peptide wordt beschoten.
Sadia Bari (Duitsland, 1980) studeerde natuurkunde en sterrenkunde in Groningen. Het onderzoek werd uitgevoerd bij het Kernfysisch Versnellerinstituut (KVI) van de RUG en gefinancierd door het Europese 'Ion Technology and Spectroscopy at Low Energy Ion Beam Facilities'-project. Bari gaat door als postdoc bij de Max Planck Advanced Study Group van het Center for Free Electron Laser Science (Universiteit Hamburg).
Laatst gewijzigd: | 13 maart 2020 01:16 |
Meer nieuws
-
02 juli 2024
Start EngD-programma's in Autonomous Systems en Sustainable Process Design
In september starten de Engineering Doctorate (EngD) programma's Autonomous Systems en Sustainable Process Design bij de Faculty of Science and Engineering.
-
25 juni 2024
Heineken Young Scientists Award voor Casper van der Kooi
Voor zijn onderzoek in het domein Natural Sciences ontvangt Casper van der Kooi de Heineken Young Scientists Award.
-
24 juni 2024
Een plakkerigheidsmeter
Verschillende plantensoorten gebruiken kleine plakkerige druppeltjes om insecten uit te schakelen of aan te trekken. Deze druppels zouden een ideaal gifvrij bestrijdingsmiddel tegen insecten kunnen zijn. Abinaya Arunachalam heeft een apparaat...