Generalized genetical genomics. Advanced methods and applications

Promotie: mw. Y. Li, 14.45 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen

Proefschrift: Generalized genetical genomics. Advanced methods and applications

Promotor(s): prof.dr. R.C. Jansen

Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen

Door China gelauwerde onderzoekster presenteert computerprogramma voor systeemgenetisch onderzoek

Waarom slaat een medicijn bij de een niet en bij de andere wel aan? En waarom hebben ziekteverwekkers niet bij iedereen hetzelfde effect? Achter deze vragen ligt een uiterst complexe biologische puzzel waarbij het DNA een grote rol speelt. Yang Li presenteert in haar proefschrift een nieuw computer programma, designGG, voor het zo goed mogelijk ontwerpen van zogenaamde Generalized genetical genomics (GGG) experimenten. GGG is een methode op het gebied van de systeemgenetica, dat de analyse van genetische variatie combineert met variatie in moleculaire eigenschappen op populatieniveau, in verschillende omgevingen. Dit, met als doel inzicht te krijgen in de interacties tussen genotype en omgevingsinvloeden.

Li ontving in juli 2010 op de Chinese ambassade in Den Haag de Chinese Government Award for Outstanding Student Abroad en werd samen met haar promotor Ritsert Jansen geïnterviewd door Xinhua News Agency, het grootste en officiële nieuwsjournaal van China.

In haar proefschrift gaat Li onder andere in op de meest geopperde kritieken op methoden voor het bepalen van causale relaties met genetische data. Ook onderzocht zij verschillende permutatiemethodieken, voor het bepalen van significantie van ‘quantitative trait loci’ (QTL) en QTL hotspots.

Verder paste zij de GGG methode toe in drie pilotstudies: In de eerste studie toont zij aan dat erfelijke verschillen in de plasticiteit van genexpressie grotendeels gereguleerd worden door genetische factoren in trans. De tweede studie laat zien dat erfelijke verschillen in genexpressie erg gevoelig zijn ten aanzien van het cellulaire ontwikkelingsstadium. In de derde studie, met behulp van genoom-brede tiling arrays, vond zij dat het ‘alternative splicing mechanisme’ in C. elegans in het algemeen genetisch robuust lijkt te zijn en dat slechts een fractie van de genen erfelijke variatie in hun splice patronen laat zien.

Ten slotte bediscussieert Li enkele fundamentele uitdagingen met betrekking tot databewerking, QTL mapping, en netwerkreconstructie en doet suggesties voor vervolgonderzoek om de reikwijdte van de systeemgenetica verder te vergroten.

Yang Li (China, 1974) studeerde analytische chemie aan de Hunan University in China. Haar promotieonderzoek voerde zij uit aan de Rijksuniversiteit Groningen, bij het Groningen Bioinformatics Centre, waar zij als postdoc verder gaat met systeemgenetisch onderzoek naar kanker.