Structural investigations of three different proteins by X-ray crystallography and NMR

Promotie: dhr. A. Kale, 13.15 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen

Proefschrift: Structural investigations of three different proteins by X-ray crystallography and NMR

Promotor(s): prof.dr. B.W. Dijkstra

Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen

Contact: Avinash Kale, tel. 0044-114 2634425, e-mail: a.kale@shef.ac.uk

Structuur-functieonderzoek aan drie eiwitten

Kennis van de drie-dimensionale structuur van eiwitten is essentieel om de werking van biologische systemen te kunnen begrijpen. Twee belangrijke experimentele technieken om in atomair detail structuurinformatie te verkrijgen, zijn röntgenkristallografie en kernspinresonantie (NMR).

Hoewel beide methoden structuren van hoge kwaliteit kunnen opleveren, heeft elke techniek zijn eigen beperkingen en hindernissen. Röntgenkristallografie is afhankelijk van kristallen die röntgenstraling verstrooien, terwijl NMR-methoden meestal alleen toepasbaar zijn op kleine eiwitten. Bij beide technieken moet het eiwitpreparaat homogeen, stabiel en redelijk tot goed oplosbaar zijn, en het eiwit mag niet irreversibel aggregeren bij hoge concentraties.

Zelfs als aan al deze voorwaarden is voldaan, is dat geen garantie dat deze methoden zullen werken. Een succesvolle structuurbepaling is afhankelijk van vele factoren die van eiwit tot eiwit kunnen verschillen.

Het proefschrift van Avinash Kale beschrijft structurele en functionele studies van drie verschillende eiwitten, uitgevoerd met behulp van röntgenkristallografie en NMR in combinatie met andere biochemische methoden. Het is verdeeld in drie delen: het eerste deel beschrijft de structuur en functie van leucine aminopeptidase, ppLAP, uit Pseudomonas putida, het tweede deel bevat structurele en functionele studies van het competentie-gerelateerde adaptor eiwit MecA uit Bacillus subtilis en het derde deel beschrijft structuur-functieonderzoek dat is uitgevoerd aan het SWAP-70 eiwit uit de muis, een eiwit dat in de literatuur is beschreven als een nieuw type ’guanine-exchange’ factor.

Avinash Kale (India, 1976) studeerde fysische chemie aan het Indian Institute of Technoloy in Mumbai. Het onderzoek werd uitgevoerd bij het Laboratory of Biophysical Chemistry van de RUG en gefinancierd door ZonMw. Kale gaat door in het onderzoek als postdoc aan de University of Sheffield.