Optimized data processing algorithms for biomarker discovery by LC-MS
Promotie: mw. C. Christin, 11.00 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen
Proefschrift: Optimized data processing algorithms for biomarker discovery by LC-MS
Promotor(s): prof.dr. R.P.H. Bischoff, prof.dr. A.G.J. van der Zee, prof.dr. A.K. Smilde
Faculteit: Medische Wetenschappen
Bijdrage aan interpretatie gegevens geavanceerde chromatografie LC-MS
In medisch onderzoek wordt in toenemende mate gebruik gemaakt van chromatografie - massaspectrometrie (LC-MS), een geavanceerde vorm van chromatografie. Hiermee kunnen onder andere ziekteverwekkers in lichaamsmateriaal worden opgespoord. Doordat de gebruikte apparatuur steeds gevoeliger wordt, wordt het steeds ingewikkelder onderzoeksresultaten te analyseren.
Promovenda Christin onderzocht hoe complexe LC-MS chromatogrammen beter kunnen worden uitgelijnd. Ze verklaart de combinatie van de uitlijnalgoritmen (Correlation Optimized Warping, Parametric Time Warping en Dynamic Time Warping) met Component Detection Algorithm, om de oorspronkelijke methoden te verbeteren die gebruik maken van het totaal ion chromatogram. Een probleem in het LC-MS-onderzoek is dat het te veel variabelen kan opleveren. In haar proefschrift bespreekt Christin een studie waarin een aantal selectiemethoden voor variabelen met elkaar vergeleken wordt, en test ze de toepasbaarheid van de methoden op eigen labresultaten.
Christin (Tangerang, Indonesië, 1981) studeerde bio-informatica in Zweden. Ze verrichtte haar onderzoek aan de afdeling Farmacie van de Faculteit Wiskunde en Natuurwetenschappen van de RUG. Het onderzoek werd medegefinancierd door het Netherlands Bioinformatics Center (NBIC). Christin werkt inmiddels als onderzoeker in het AMC, Amsterdam.
Laatst gewijzigd: | 13 maart 2020 01:12 |
Meer nieuws
-
10 juni 2024
Om een wolkenkrabber heen zwermen
In Makers van de RUG belichten we elke twee weken een onderzoeker die iets concreets heeft ontwikkeld: van zelfgemaakte meetapparatuur voor wetenschappelijk onderzoek tot kleine of grote producten die ons dagelijks leven kunnen veranderen. Zo...
-
06 juni 2024
Wiro Niessen Captain of Science van Topsector Life Sciences & Health
Wiro Niessen, decaan van de Faculteit Medische Wetenschappen, is door minister Adriaansens van Economische Zaken en Klimaat benoemd tot Captain of Science van het Topteam van de Topsector Life Sciences & Health (LSH). Zijn benoeming is per 1 juni...
-
29 mei 2024
Europese samenwerkingsmasters behoren tot de top
Op 27 mei werd door het EACEA in Brussel gevierd dat 20 jaar geleden de eerste Erasmus Mundus Masters van start gingen.