Genetical genomics approaches for systems genetics

Promotie: dhr. B.M. Tesson, 16.15 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen

Proefschrift: Genetical genomics approaches for systems genetics

Promotor(s): prof.dr. R.C. Jansen, prof.dr. R. Breitling

Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen

Ontrafelen moleculaire interacties aan de basis van complexe fenotypes

Bruno Tesson deed onderzoek naar het vermogen van genetical genomics om de moleculaire interacties te ontrafelen die zorgen voor complexe fenotypes (zoals een bepaalde ziekte) en hoopt daarmee bij te dragen aan de grotere ambities binnen de systeemgenetica.

Variatie in DNA-volgordes is de basis van fenotypische variatie. Het begrijpen van de mechanismes hoe deze variatie doorwerkt in weefsel, organen en organismes, is het doel van systeemgenetica. Genetical genomics gebruikt kwantitatieve methoden om de in de natuur aanwezige DNA-varianten te identificeren die ten grondslag liggen aan de variatie in mRNAs, eiwitten en metabolieten.

De resultaten van Tessons onderzoek naar bloedcellen van muizen tonen aan dat effecten van DNA-variatie op genexpressie sterk beïnvloed worden door de cellulaire ontwikkelingsfase van dat moment, wat de noodzaak aantoont om rekening te houden met cellulaire ontwikkelingfases. Vervolgens nam Tesson de verschillende stappen in een genetical genomicsonderzoek onder de loep. Zo wordt door hem een nieuwe permutatiestrategie gepresenteerd, die bescherming biedt tegen het foutief interpreteren van eQTL hotspots.

Verder introduceert Tesson een voor het analyseren van differentiële co-expressie, complementair aan klassieke differentiële expressieanalyse.

Bruno Tesson (Frankrijk, 1983) studeerde bio-informatica aan de Chalmers University of Technology in Gothenburg, Zweden. Zijn promotieonderzoek deed hij aan de Rijksuniversiteit Groningen, bij de afdeling Groningen Bioinformatics Center (GBiC) van het Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB). Zijn onderzoek werd gefinancierd door het Netherlands Bioinformatics Center (NBCIC) en de Netherlands Genomics Initiative (NGI).