Gut Bacteroidales: antimicrobial potencies and host-bacteria interactions
| Promotie: | M.V. Fernandez Cantos, M |
| Wanneer: | 01 juli 2024 |
| Aanvang: | 11:00 |
| Promotors: | O.P. (Oscar P) Kuipers, prof. dr. G.N. (Gert) Moll |
| Waar: | Academiegebouw RUG |
| Faculteit: | Science and Engineering |
Verkenning metabolische en probiotische kenmerken van Bacteroidales-bacteriën
De primaire focus van het proefschrift van Victoria Fernandez Cantos was de verkenning van de metabolische en probiotische kenmerken van Bacteroidales-bacteriën.
Fernandez Cantos: 'Binnen de menselijke darmmicrobiota vertegenwoordigen Bacteroidales-bacteriën de overheersende Gram-negatieve orde en een van de meest stabiele componenten. Naarmate de kennis over de darmmicrobiota toeneemt, zijn leden van deze orde eerder voorgesteld als kandidaten voor probiotica van de volgende generatie (NGP's) vanwege hun gunstige eigenschappen. Niettemin zijn ze ook betrokken bij ziekten en infecties, waaronder metabole dysfunctie-geassocieerde leververvetting (MAFLD).
De primaire focus van dit proefschrift was de verkenning van de metabolische en probiotische kenmerken van Bacteroidales-bacteriën. Eerst hebben we het biosynthetische potentieel van RiPP onderzocht door een in silico-screening uit te voeren met de webgebaseerde tool BAGEL4 op 1136 Bacteroidales-stammen, die een consistente associatie onthulden tussen C39-peptidase-bevattende ATP-bindende transporters (PCAT's) en precursorpeptiden met GG-motieven. Uit de evaluatie van de expressie en antimicrobiële activiteit van twee van de RiPP BGC's bleek dat deze BGC's onder laboratoriumomstandigheden stil blijven.
Ten tweede werd de productie van aanvullende metabolieten die microbe-gastheer- en microbe-microbeinteracties kunnen mediëren, geëvalueerd met behulp van een ongerichte LC-MS/MS-benadering. In het onderzoek worden verschillende bioactieve metabolieten blootgelegd, waaronder biogene aminen en van collageen afgeleide metabolieten. Deze laatste groep metabolieten duidt op collagenase-activiteit.
Ten slotte wordt een reeks Bacteroidales-stammen geëvalueerd op hun probiotische eigenschappen door middel van antimicrobiële activiteitstesten en menselijke in vitro-modellen. Met name Bacteroides sp. 4 1 36 vertoonde veelbelovende eigenschappen vanwege de antimicrobiële activiteit, de vermindering van de darmpermeabiliteit en de verbetering van de klaring van vrije vetzuren, waardoor het werd gepositioneerd als een overtuigende kandidaat voor therapeutische interventies bij MAFLD.'